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所得税法基本通達212-3（給与等の計算期間の中途で非居住者となった者の給与等）において、「給与等の計算期間の中途において居住者から非居住者となった者に支払うその非居住者となった日以後に支給期の到来する当該計算期間の給与等のうち、当該計算期間が1月以下であるものについては、その給与等の全額がその者の国内において行った勤務に対応するものである場合を除き、その総額を国内源泉所得に該当しないものとして差し支えない。」とされています。

この通達の規定は、以下の要件のすべてを満たす場合に適用されることになります。

(1) 給与等の計算期間の中途に居住者から非居住者になること

(2) 給与等の計算期間が1月以下であること

(3) 給与等の計算期間に国内勤務期間及び国外勤務期間の両方が含まれること

(4) 給与等の支払日が非居住者期間中にあること

そもそも非居住者に支払われる給与等（給与又は賞与など）で国内勤務に起因するものは、国内源泉所得として所得税（以下、復興特別所得税を含む）の源泉徴収が必要です。したがって、非居住者が受ける給与等が国内勤務及び国外勤務の両方に起因する場合には、原則として、その総額のうち国内勤務に対応する金額について所得税を源泉徴収しなければなりません。

ただし、所得税法基本通達212-3において定めている要件のすべてを満たすことを条件に、たとえ国内源泉所得があったとしても、例外的に所得税の源泉徴収をしなくてもよいとされているので注意が必要です。

なお、年の中途において居住者から非居住者になる場合において、非居住者となる時までに支払われる給与等については年末調整を行う必要があります。年末調整は、居住者期間中に支払われた給与等が対象となることから、出国直後に支払われる給与等は、当然に年末調整の対象にはなりません。

以上